Puyarruego moet al bestaan hebben in de vroege middeleeuwen, en vanaf de 14e eeuw maar vooral de 15e eeuw is er heel wat bekend over de er heersende familie(s). Dit was de periode van de Inquisitie (godsdienstvervolging) onder het strenge bewind van de Spaans-Habsburgse Keizer Filips II, die toen ook in onze gewesten de goede kerkorde onder controle hield. De Katholieke Kerk had een enorm netwerk van lokale controleurs uitgebouwd. Ze schrok er ook niet voor terug om allerlei avonturiers, leiders van roversbendes en smokkelaars voor haar in het geheim diensten te laten uitvoeren. Zeker in de grensstreek van het huidige Frankrijk, waar het protestantisme steeds meer aanhangers kreeg (o.a. in de Béarn en de streek rond Toulouse), waren spionageopdrachten frequent. Medewerkers van de kerk werden soms beloond met grote stukken grond waarover zij het leenheerschap (Señorio) kregen. Anderen kregen als verdienste van de Paus het patronaat over (en de inkomsten van) kerkgemeenschappen.

In Puyarruego hadden in de 16e eeuw de families Garcés-Peréz goede posities bekomen. Ze bouwden een versterkte woning, inclusief schietgaten en familiekapel, en hielden alle administratieve verrichtingen zorgvuldig bij in archieven. Deze woning is ondertussen sterk omgebouwd en gerestaureerd, maar de smalle schietgaten in het verbindingsdeel tussen twee gebouwen waren tot de laatste verbouwingen in 2000 nog goed te zien (loop vanaf de Plaza het straatje naast de bar door). Ze is gekend onder de naam Casa Bardaxí.

Vanaf de 17e eeuw tot 1920 was namelijk de ingetrouwde familie Bardaxí Señor van Puyarruego, maar ook van dorpen zoals het verre Lasaosa (in de vallei van de Río Guarga), Villanova (in de vallei van de Río Esera nabij Benasque) en van Las Vilas (nabij het huidige badoord Las Vilas de Turbón). Inwoners van die gronden moesten o.a. jaarlijks een deel van hun oogst en hun dieren afstaan aan de Señor en een aantal dagen onbezoldigd voor hem werken.

De familiearchieven van Puyarruego werden doorheen de eeuwen zeer goed bijgehouden en bleven gelukkig gespaard tijdens de Spaanse burgeroorlog (1936-1939), toen veel archieven door branden werden vernietigd. Deze documenten werden immers meestal bewaard in burgerhuizen, kerken of pastorijen, die, als symbolen van de verdrukking en het gezag, in het begin van de oorlog net het doelwit waren van de republikeinse troepen (de rooien).
De archieven van de Bardaxí-tak in Graus werden gedeeltelijk vernietigd toen in 1837 de Carlisten (aanhangers van de troonpretendent Don Carlos) Graus innamen en een aantal burgerhuizen plunderden.

Vanaf de tweede helft van de 18e eeuw verhuisden de Señores van Puyarruego naar het stadje Graus in de benedenvallei van de Río Esera, waar een tak van de familie een groot burgerhuis bezat op de Plaza Mayor, waar het nu nog te bezichtigen is. De eigendommen in de bergen bleven echter van hen. Ze kregen er zelfs nog een grondgebied bij, dat van Abenozas, een armoedig gehucht in de vallei van de Río Esera niet ver van Graus.
Op het moment van de Carlisteninval in 1837 waren de archieven van Puyarruego gelukkig nog niet naar die stad overgebracht !

Onder invloed van de ideeën en successen van de Franse Revolutie in 1789 werd vanaf het begin van de 19e eeuw het feodale lijfeigenensysteem langzaam maar zeker uitgehold. De Señores kregen steeds minder greep op hun onderdanen die zich begonnen te verzetten. Ze weigerden de jaarlijkse bijdragen te betalen en beschouwden eigendommen van de heer als gemeen goed (bv gebruik van brandhout uit een bos). Een leuke anecdote is deze van de aardappel.

Toen deze vrucht eind 18e eeuw voor het eerst in Aragón, in de vallei van Benasque, werd ingevoerd vanuit Frankrijk, vonden de lijfeigenen dat ze van de oogst geen deel aan de heer moesten afgeven. Op ondergrondse vruchten zoals ajuin en look werden traditioneel geen tienden geheven. En dus, zo zeiden ze, ook niet op de aardappel! De zaak werd voor het gerecht gebracht en de plaatselijke bevolking kreeg gelijk. De vrucht werd zeer snel populair in de streek (en verving gedeeltelijk graan als basisvoedsel), tot groot ongenoegen van de heren, en niet in het minst van de Señor Bardaxí : op zijn gronden in Villanova nabij Benasque werd al heel vroeg aardappel geteeld!

De Señores kregen het dus moeilijk. In 1837 werd het systeem definitief wettelijk afgeschaft, maar in veel gevallen bleven de heren meestal eigenaar van de gronden en genoten toch nog een zeker aanzien. In de twintigste eeuw, toen ze hogere taksen moesten betalen op hun eigendommen, werden gronden dikwijls verkocht of aan de kerk geschonken. De eigendommen van Puyarruego werden in de jaren 1920 verkocht en Casa Bardaxí werd aan de bisschop van Barbastro geschonken.

Twee van de talrijke zonen van het echtpaar Bardaxí dat eind 18e eeuw uit het piepkleine Puyarruego naar Graus verhuisde, hadden het in de eerste helft van de 19e eeuw ver gebracht : één was Spaans ambassadeur met posten in o.a. Budapest en St-Petersburg, en was zelfs kort minister-president, de ander bekleedde een hoge functie binnen de kerk in Rome.

Tijdens de Spaanse burgeroorlog (1936-1939) lag Puyarruego tijdens de maanden april en mei 1938 volop in de vuurlinie. De 43° Divisie van het republikeins leger moest zich na een verloren offensief in de Ebrovallei terugtrekken naar het grensgebied en probeerde vooral langs de vallei van Bielsa aan het snel oprukkende (en steeds meer omsingelende) leger van Franco te ontkomen.
In Puyarruego werd hevig gevochten, en de schietgaten van Casa Bardaxí kregen weer hun vroegere funktie. Overal op de hellingen rond het dorp waren loopgraven gemaakt. Het zeer vlakke plateau voor Belsierre, waar nu vredig koeien grazen, was zelfs tijdelijk militair vliegveld. Dorpen als Escalona, Laspuña en Lafortunada werden in die periode bijna volledig verwoest.

Het leger van Franco won steeds meer veld. In juni werd Bielsa hevig gebombardeerd. Op 16 juni verlieten de laatste soldaten van het verslagen republikeins leger het Spaans grondgebied via de Col van Bielsa (de Tunél de Bielsa zou er pas 40 jaar later komen). Twee maanden tevoren waren duizenden burgers uit de dorpen in de omgeving met tienduizenden stuks vee via dezelfde weg in de diepe sneeuw en onder zeer moeilijke omstandigheden naar Frankrijk gevlucht.

Bij het begin van de burgeroorlog vielen enkele republikeinse heethoofden in Puyarruego het 16e eeuws kerkje San Pedro Apóstol binnen. Ze staken het waardevol 17e eeuws retabel met scènes uit het leven van San Victorián (of San Viturián) - een zeer belangrijke figuur in deze streek - in brand, sleurden het tabernakel naar buiten en wierpen het van de helling naar beneden.

Na de oorlog vond een landbouwer de sterk beschadigde houten doos, ... en nagelde die als zitje op zijn dorsplank. Iedereen in het dorp zag het, en zweeg.

Dit alles is historie, maar opgelet, de geest van de Bardaxí's is nog niet uit het dorp verdwenen. Bijna drie eeuwen lang, sinds de familie Peréz in de 16e eeuw tot het einde van de 18e eeuw, werd elke Señor van Puyarruego zittend op een stenen bank bijgezet in de familiecripte onder de kerk. Bij een restauratie van het gebouw in 1965 werd deze cripte ontdekt, maar de toegang werd later met een betonlaag overgoten. Het clubje voorname skeletten zit er echter nog. En op heldere nachten ...